测定血痕的DNA多态性，可作个人识别。亲子鉴定血痕的DNA分析方法与血液相同，但提取DNA时要尽量除去的杂质和过量的血红蛋白和正铁血红素等，以免其抑制DNA限切酶消化及PCR反应。可以作热浸渍PCR或用Chelex处理血痕检材或在PCR反应液中加入小牛血清白蛋白等，可消除血红蛋白衍生物、染色体料等影响。现已应用作血痕个人识别的DNA分析的DNA分析有HLA-DAa,PM,mtDNA,多种VNTR，如D1S80、ApoB、D17S30，多种STR，以及ABO，MN等位基因型。

DNA分析还可作血痕的种属鉴别，性别鉴定以及亲子鉴定。